MOLECULE データベース入力データ形式

AMDIS MOLECULE, CHART MOLECULE について、登録しやすい形のデータフォーマットを示します。この形式に従ってなくても、入力作業をいたしますが、作業効率向上のために、このフォーマットに従っていただけると幸いです。

1.概要

データは、文献の情報を記載するリファレンスと実際のデータをいれるデータから成ります。

両ファイルに共通な規則を以下に示します。

# .... コメント行
+ .... 継続行(行の先頭に付ける) 一行は128文字以内とし、それを越える場合、使用します。
! .... データの区切り

データは半角英数字のみを使用してください。空白(ブランク)も全角文字は使用しないでください。
各データ並びは、項目名、カラム名（項目名の略称）、カラム内容（データ）で構成され、それぞれは、一つ以上の空白またはタブ(TAB)で仕切られます。

2. リファレンスファイル

2.1 サンプル

リファレンスファイルのフォーマットは、 AMDIS Ionization, Excitation, Recombinationと全く同じです。

#
Author     AU    Kato, T.$Safronova, U.$Ohira, M.
Title      TI    Dielectoronic Recomibination Rate Coefficients to the Excited States of CII from CIII
#
JnName                  JNA     PRA
Volume                  VI      47 
Page                    IP      2888 
DateofPub               DP      1993
AM-INSPEC-Record-Number AMRN    
ORNL-Record-Number      ORNLRN  
COMMENT                 CM1

2.2 各項目解説

データを収録している文献ごとに用意します。
以下の情報が含まれていれば、細かい形式にこだわらなくてもかまいません。

AU: 著者名。Last Nameを先に書く。複数書く場合は、間を"$"でくぎる
(例) Thomas Alva Edison, Bill Gates の場合
Author AU Edison, T.A.$Gates, B.
TI: タイトル。論文のタイトルを書く。上付き文字、下付き文字をできるだけ使用しないことが望ましい。
使う場合は、上付き文字は"^"と"`"で、下付き文字は"\"と"`"で囲む。
JNA: 雑誌名の略称。Journal名略称一覧参照。雑誌等に未発表のデータの場合、PC (Private Communication)と入力する。
VI: 雑誌のVolume No.を数字で入力する。
IP: ページ番号、論文のページがp.207～p.250だったら、 207-250と書く。(開始ページだけでもよい) もしページがL105とかと書かれている場合(Letterの場合など)は Lを付けて入力する。
DP: 発行年。提出年ではなく雑誌の発行年を書く。
AMRN: Nifs AMデータベースに登録されている場合、そのレコード番号を入力する (この項目は、入力しなくてかまいません)。
ORNLRN: Nifs ORNLデータベースに登録されている場合、そのレコード番号を入力する (この項目は、入力しなくてかまいません)。
CM1: リファレンスに関係するコメントを書く

3. データファイル

3.1. サンプル

(1)AMDIS MOLECULEの場合のサンプル

#
Record-number           RN      60051
Reference-number        RI      1984E201
Process                 PR      ionization
Theory/Experiment       TE      E
Data-Type               DTYP    CS
Elements                EL      CH4
Ionic-state             IST     0
Moleculer-Name          MOL     methane
Initial-State-Conf      CI      
Final-State             FNS     CH\4`^+`
Number-of-Data-Point    ND      5
X-data                  DTPNTX  15,20,30,50,100
Y-Data                  DTPNTY  0.180,0.68,1.26,1.69,1.78
X-Normarization         NRM10X  0
Y-Normarization         NRM10Y  -16
X-error-data-Plus       XEP     
X-error-data-Minus      XEM     
Y-error-data-Plus       YEP     
Y-error-data-Minus      YEM     
DataProducer            PD      
Org-X-Unit(1,2,3,6)     SEE     1
Org-Y-Unit(A,B,F)       CSS     A
Comment                 CM      
Fitting-Fn              FITEQ   
Fitting-Coeff           FITP    
PrcessTitle-Right       PRTTLR  
!

(2)CHART MOLECULEの場合のサンプル

Record-number           RN      
Reference-number        RI      
Process	                PR      charge transfer
Theory/Experiment       TE      E
Data-Type               DTYP    CS
Elements                EL      C / CH4
Element_A               ELA     C
Name_of_A               MOLA    carbon
Atomic_mass_A           AMA     4
Initial_charge_state_A  INA     0
Initial_excited_state_A IEA     
Element_B               ELB     CH4
Name_of_B               MOLB    methane
Atomic_mass_B           AMB     16
Initial_charge_state_B  INB     0
Initial_excited_state_B IEB     
Final_products          FNS     C^3+`;CH4^+`
Products_name           MOLC    helium;methane
Number-of-Data-Point    ND      12
X-data                  DTPNTX  
+7.50E+04,1.00E+05,1.25E+05,1.50E+05,1.75E+05,
+2.00E+05,2.25E+05,2.50E+05,3.00E+05,3.50E+05,
+4.00E+05,4.50E+05
Y-Data                  DTPNTY  
+4.95,4.77,4.68,4.37,4.40,3.96,3.56,3.36,3.20,2.98,
+2.73,2.56
X-Normarization         NRM10X  0
Y-Normarization         NRM10Y  -16
X-error-data-Plus       XEP     
X-error-data-Minus      XEM     
Y-error-data-Plus       YEP     
+0.2,0.2,0.3,0.3,0.2,0.2,0.2,0.3,0.3,0.2,
+0.2,0.3
Y-error-data-Minus      YEM     
+0.2,0.2,0.3,0.3,0.2,0.2,0.2,0.3,0.3,0.2,
+0.2,0.3
DataProducer            PD      
Original_Xdata_Frame    XFRM    lab
Org-X-Unit(1,2,3,6)     SEE     1
Org-Y-Unit(A,B,F)       CSS     A
Figure_Number           FN      1
Figure_Title            FGT     
Comment                 COM     Fig. 1
Fitting-Fn              FITEQ   
Fitting-Coeff           FITP    
ProcessTitle-Right      PRTTLR  
!

3.2 各項目解説

3.2.1 AMDIS MOLECULE

データは、1つの反応式ごとに、1つ作る。データとデータの区切りには"!"だけが入った行を挿入する。

RN

レコード番号。適当に決めてかまわないが、番号順になるように入力する。このデータは、実際に入力される際には別の番号にリナンバリングされる。

RI

この項目は空白にしておく

PR

素過程の名前 (ionization, dissociation, dissociative ionization, charge transfer, dissociative charge exchangeなど)。セミコロンで区切って、複数入力可能。

TE

T(理論値 theory)またはE(実験値 examination)またはV(評価値 evaluation)を指定

DTYP

データ種別を指定

CS ...... cross section
RC ...... rate coefficient
OT ...... others, 上記以外のデータ (その場合、数値データは入力できません)

EL

化学式。"\"と"`"で囲むという下付文字表現は不要。
(例)　C₂H₆ => C2H6

IST

Ionic State(ターゲットの価数)を記入

MOL

分子名
その分子に複数の呼称がある場合、セミコロン(;)で区切って複数記入可。
(例) C₂H₆ => ethane

CI

Initial State Configration, 励起状態など、ターゲットの電子状態。

ギリシャ文字は英語表記。先頭文字が大文字は大文字を示す。
例: Σ => Sigma, σ => sigma
上付き文字は"^"と"`"で、下付き文字は"\"と"`"で囲む。

FNS

Final State, 終状態。分裂する場合は、それぞれproductsを、セミコロン(;)で区切って書く。 上付き文字は"^"と"`"で、下付き文字は"\"と"`"で囲む。 Total Cross sectionの場合など、productsが具体的に記入できない場合、この項目は未記入とする。
(例) CH₃⁺ + H^- の場合、

Final_products      FNS    CH\3`^+`;H^-`

PD

Data-Producer AuthorとData Producerが異なる場合のみ、入力する。

ND

データの数を入力 (DTYPにOTを指定した場合空白)

CM

実験や理論の方法の名称や、入力するデータが記載されていたテーブルや図の番号などはここに記入する

NRM10X

エネルギーの値のNormalize値(10のべき乗)

NRM10Y

断面積のNormalize値(10のべき乗)

DTPNTX

X軸のデータ、すなわち、エネルギー値を入力する。 NRM10Xの値でNormalizeされた値を入力する。 データとデータの間には空白をいれない。 継続行の場合も、2バイト目からデータを記入。データとデータの間は","でくぎる。

DTPNTY

Y軸のデータ、すなわち、断面積を入力する。順番はDTPNTXと同じにする。 NRM10Yの値で正規化(Normalize)された値を入力する。

(例) Y(1)=1.56E-13で、エラーデータが(+0.8E-13,-0.7E-13), Y(2)=9.88E-14で、エラーデータが(+3.1E-14,-1.1E-14)とすると、

NRM10Y -13
DTPNTY 1.56,0.988
ERRNGY 0.8,0.7,0.31,0.11 (ERRNGYの項を参照)

XEP

X軸のデータのプラスのエラーデータを入力する。順番はDTPNTYと同じにする。データは約10000文字以内に収めること。 AMDIS Excitation,Ionizationとフォーマットが異なることに注意 (AMDIS Recombinationとは同じ)。

XEM

X軸のデータのマイナスのエラーデータを入力する。マイナスの符号はつけない。順番はDTPNTYと同じにする。

(例)
3つのデータポイントのそれぞれのエラーデータが
(+0.1,-0.1),(+0.2,-0.2),(+0.3,-0.4)
XEPとXEMは以下のようになる。

Error-X-Plus                     XEP      0.1,0.2,0.3
Error-X-Minus                    XEM      0.1,0.2,0.4

YEP

Y軸のデータのプラスのエラーデータを入力する。データの形式はXEPと同様。

YEM

Y軸のデータのマイナスのエラーデータを入力する。データの形式はXEPと同様。

SEE

1....エネルギーの単位が(eV)の場合
2....エネルギーの単位が(Ryd)の場合
3....エネルギーの単位が(a.u.)の場合
6....エネルギーの単位が(K)の場合

CSS

A....単位がcm²の場合
B....単位が pi*a_0^2 の場合 (pi=円周率、a_0=ボーア半径)
F....単位がcm³/sの場合

PD

Data-Producer AuthorとData Producerが異なる場合のみ、入力する。

FITEQ

Fitting-Equation 数値データが理論式で作られている場合、その理論式を記述する。

Fortran表記に準じる。但し分かれば違っていても良い。X, Y の単位を明記する.
e^xは "EXP(X)"と表現する。

FITP

Fitting-Parameter 理論式で使われているパラメータを記述する。

3.2.2 CHART MOLECULE

データは、1つの反応式ごとに、1つ作る。データとデータの区切りには"!"だけが入った行を挿入する。

RN

RI

この項目は空白にしておく

PR

素過程の名前 (ionization, dissociation, dissociative ionization, charge transfer, dissociative charge exchangeなど)。セミコロンで区切って、複数入力可能。

TE

T(理論値 theory)またはE(実験値 examination)またはV(評価値 evaluation)を指定

DTYP

データ種別を指定

CS ...... cross section
RC ...... rate coefficient
OT ...... others, 上記以外のデータ (その場合、数値データは入力できません)

EL

原子名または化学式。入射粒子(projectile)をAと標的粒子(target)をBとすると、 "A / B"のように書く。化学式の場合、上付、下付記号等は使用せずそのまま書く。例えば、入射粒子がC、標的粒子がC₂H₆の場合は、"C / C2H6"と書く。

ELA

入射粒子の原子名または化学式。化学式の場合、上付、下付記号等は使用せずそのまま書く。

MOLA

入射粒子の原子または分子の名称(英語)

AMA

入射粒子の原子量または分子量

INA

入射粒子のInitial charge no.

IEA

入射粒子の電子状態，内部状態。上付き文字は"^"と"`"で、下付き文字は"\"と"`"で囲む。

ELB

標的粒子の原子名または化学式。化学式の場合、上付、下付記号等は使用せずそのまま書く。

MOLB

標的粒子の原子または分子の名称(英語)

AMB

標的粒子の原子量または分子量

INB

標的粒子のInitial charge no.

IEB

標的粒子の電子状態，内部状態。上付き文字は"^"と"`"で、下付き文字は"\"と"`"で囲む。

FNS

終状態。生成物の原子名または分子式をすべて記入。書き方は、「原子/分子名^charge no`(電子状態)」の形。生成物が複数ある場合はセミコロン";"を区切り文字にして記入。
(例) C^4+`(1s);CH4

MOLC

生成物の名称(英語)。複数ある場合はセミコロン";"を区切り文字として記入。

ND

データの数を入力 (DTYPにOTを指定した場合空白)

CM

実験や理論の方法の名称や、入力するデータが記載されていたテーブルや図の番号などはここに記入する

NRM10X

エネルギーの値のNormalize値(10のべき乗)

NRM10Y

断面積のNormalize値(10のべき乗)

DTPNTX

DTPNTY

NRM10Y -13
DTPNTY 1.56,0.988
ERRNGY 0.8,0.7,0.31,0.11 (ERRNGYの項を参照)

XEP

XEM

X軸のデータのマイナスのエラーデータを入力する。マイナスの符号はつけない。順番はDTPNTYと同じにする。

(例)
3つのデータポイントのそれぞれのエラーデータが
(+0.1,-0.1),(+0.2,-0.2),(+0.3,-0.4)
XEPとXEMは以下のようになる。

Error-X-Plus                     XEP      0.1,0.2,0.3
Error-X-Minus                    XEM      0.1,0.2,0.4

YEP

Y軸のデータのプラスのエラーデータを入力する。データの形式はXEPと同様。

YEM

Y軸のデータのマイナスのエラーデータを入力する。データの形式はXEPと同様。

PD

Data-Producer AuthorとData Producerが異なる場合のみ、入力する。

XFRM

X軸の値が、実験系の場合は"lab"、重心系の場合は"c.m."を入力する。

SEE

1....エネルギーの単位が(eV)の場合
2....エネルギーの単位が(Ryd)の場合
3....エネルギーの単位が(a.u.)の場合
6....エネルギーの単位が(K)の場合

CSS

A....単位がcm²の場合
B....単位が pi*a_0^2 の場合 (pi=円周率、a_0=ボーア半径)
F....単位がcm³/sの場合

FN

データが掲載されている図の番号

FGT

図のタイトル

COM

FITEQ

Fitting-Equation 数値データが理論式で作られている場合、その理論式を記述する。

Fortran表記に準じる。但し分かれば違っていても良い。X, Y の単位を明記する.
e^xは "EXP(X)"と表現する。

FITP

Fitting-Parameter 理論式で使われているパラメータを記述する。

3.3 データ入力の際の注意点

DTPNTX,DTPNTY,XEP,XEM,YEP,YEMの各項目は、約10000文字まで入力できます。それを超えるデータの場合、適当に間引いてください。

4.テンプレートファイル

各自、コピーして使用してください。各項目に相当するデータ内容がない場合、その項目に関する行は削除せず、データを空白のまま残してください。

MOLECULE データベース 入力データ形式

1.概要

2. リファレンスファイル

2.1 サンプル

2.2 各項目解説

3. データファイル

3.1. サンプル

(1)AMDIS MOLECULEの場合のサンプル

(2)CHART MOLECULEの場合のサンプル

3.2 各項目解説

3.2.1 AMDIS MOLECULE

3.2.2 CHART MOLECULE

3.3 データ入力の際の注意点

4.テンプレートファイル

MOLECULE データベース入力データ形式